ساختار سازمانی موسسه محک ساختار وظیفه‌ای می باشد که براساس آن، خدمات مشابه در واحدهای مشابه ارائه می‌گردند. این ساختار سازمانی اگر چه واکنش سریع به تغییرات محیط را مسیر نمی‌سازد اما منجر به صرفه جویی با مقیاس می‌گردد که برای سازمان‌های غیر دولتی فوق العاده مهم است.